- Đầu 5’ không mã hóa ( non-cording region ) gồm 341-344 nucleotid. Đây là vùng ít biến đổi.
- Vùng được mã hóa nằm giữa hai đầu 5’ và 3’. Vùng này chỉ có một khung đọc mở duy nhất gồm 9379-9481 nucleotid.
- Đầu 3’ không mã hóa .
Các thể hình cầu HCV có mặt trong hệ tuần hoàn dưới dạng các phức hợp miễn dịch hoặc kết hợp với lipoprotein huyết thanh. Các mỏm nhô hình núm được cấu tạo bằng glycoprotein ở vỏ ngoài.
HCV Genotypes
Bộ gen HCV khá lỏng lẻo tạo nên bởi một men replicase nhiều sai sót vì NS5B RdRp không có chức năng đọc sửa và tích tụ các sai lầm trong RNA bộ gen HCV đang sao chép. Vì thế đặc tính khá quan trọng của HCV là tính không thuần nhất (heterogeneity).Tuy nhiên tính không thuần nhất di truyền này không phân bố đồng đều trên bộ gen:
+ Tính không thuần nhất cao ở vùng không mã hóa vỏ ngoài E1 (31-47%) và E2/NS1(29-43%), cao nhất ở đoạn vùng siêu biến 1 (HVR1) của E2 ( 50%).
+ Tính không thuần nhất thấp ở 5’URT (<10%), ở vùng lõi (12-19%) và ở vùng NS3(20-30%), có lẽ do chức năng quan trọng của vùng này nên không chịu được nhiều biến dị.
So sánh trình tự nucleotid của các HCV – RNA ở những người bị nhiễm HCV từ các vùng địa lý khác nhau người ta thấy có sự khác biệt giữa các chuỗi nucleotid của các virus VGC phân lập được. Tuỳ theo mức độ khác biệt này người ta phân loại theo các kiểu gen hoặc các kiểu phụ khác nhau:
-Khi có sự khác biệt >20% về trình tự các nucleotid ở các genom thì chúng thuộc các kiểu gen (genotype) khác nhau.
-Cùng một genotype nhưng có sự khác biệt <20% trình tự nucleotid thì được xếp thành các kiểu phụ khác nhau.
Sự xếp loại các kiểu gen (genotype) dựa trên so sánh các vùng khác nhau trên bộ gen. Nếu dựa vào vùng 5’ không mã hoá để so sánh thì có 6 kiểu gen, và 11 kiểu phụ khác nhau. Nếu dựa vào vùng gen E1 của 51 chủng phân lập khắp thế giới thì ít nhất có 12 kiểu gen khác nhau.
CÁC ĐẶC TRƯNG CỦA GENOTYPES
Những hiểu biết về HCV genotype rất quan trọng vì nó đóng vai trò trong dự đoán đáp ứng với điều trị, thời gian điều trị và liều điều trị của Ribavirin.
Phân bố theo địa dư:Các nghiên cứu trình tự và xác định kiểu gen chứng minh các kiểu phụ liên quan khá chặt chẽ và phân bố theo địa dư như sau:
- Kiểu 1a thường gặp ở Bắc Mỹ và Nam Mỹ, Australia.
- Kiểu 1b thường gặp ở Châu Âu và Châu Á .
- Kiểu 2a thường gặp ở Nhật và Trung quốc.
- Kiểu 2b thường gặp ở Mỹ và Bắc Âu.
- Kiểu 2c thường gặp ở Tây và Nam Âu.
- Kiểu 3a thường gặp ở Australia và Nam Á.
- Kiểu 4a thường gặp ở Ai cập và Zaire.
- Kiểu 4c thường gặp ở miền trung Châu Phi.
- Kiểu 5a thường gặp ở Nam Phi.
- Kiểu 6a thường gặp ở Nam Á.
- Kiểu 7a và 7b thường gặp ở Thái lan.
- Kiểu 8a, 8b và 9a thường gặp ở Việt nam.
- Kiểu 10a và 11a gặp ở Indonesia.
- Kiểu 1b, 2b và 2a chủ yếu gặp ở vùng Viễn đông và miền nam Châu Phi.
Dựa vào phân tích trình tự chuỗi, các biến dị HCV mới tìm thấy ở Việt nam và các nước Đông Nam Á khác được xếp vào các kiểu gen 7,8,9,10 và 11 mà bây giờ các nhóm 7,8,9 và 11 có thể được xếp vào kiểu 6a, và kiểu 10 vào kiểu 3a.
1- Genotype và nguy cơ lây nhiễm:Genotype 1b thường gặp ở bệnh nhân được truyền máu, genotype 3a thường gặp ở đối tượng tiêm chích ma túy. Hiện nay nhiễm vi rút C genotype 3a gia tăng do số người tiêm chích ma túy tăng lên, còn những người nhiễm HCV genotype 1b thì giảm do tiến bộ trong kỹ thuật truyền máu.
2- Genotype và mô học: Genotype 1b có nguy cơ vào HCC gấp 3 lần so với các genotype khác điều này được lý giải là do những người nhiễm genotype 1b thường sớm hơn những người nhiễm genotype 2 và 3 vài thập kỷ. Điều này cũng có thể áp dụng cho genotype 4 ở vùng Trung Đông. Các nghiên cứu ở Ý và Pháp lại thấy các tổn thương mô học độc lập với các Genotype.
3- Genotype và các bệnh tự miễn:Genotype 2a được cho có liên quan đến các bệnh lý như viêm gan tự miễn có anti-LKM1 (+), bệnh cryoglobulin huyết.
4- Genotype và dự đoán đáp ứng với điều trị:Thông tin về genotype rất quan trọng nó được sử dụng để dự đoán kết quả điều trị. Tỉ lệ đáp ứng kéo dài khi sử dụng Peginterferon kết hợp với Ribavirin thường cao hơn ở genotype 2, 3 so với genotype 1.
5- Genotype và đáp ứng điều trị : Genotype 1 được xem như là genotype khó khăn nhất với các liệu pháp điều trị hiện nay. Tuy nhiên tỉ lệ đáp ứng với điều trị khi sử dụng interferon mới là peginterferon kết hợp với ribavirin thì dường như tăng lên rõ rệt , > 50% đáp ứng kéo dài. Genotype 2 và 3 đáp ứng với điều trị hiện nay tốt hơn có thể lên đến 70%-90%. Có một vài bằng chứng đáp ứng với điều trị hiện nay ở bệnh nhân có genotype 2 tốt hơn bệnh nhân có genotype 3, nhưng điều nay cần thêm các nghiên cứu ngẫu nhiên lớn hơn để xác định lại. Lý do có sự liên quan giữa các genotype và đáp ứng với điều trị thì không được biết. Nhưng người ta nghĩ rằng các genotype vi rút viêm gan C khác nhau có thời gian sống khác nhau. Ví dụ như theo giả thiết thì genotype 2, 3 vi rút viêm gan C có đời sống ngắn hơn genotype 1, vì thế sự thải loại genotype 2, 3 thì dễ hơn genotype 1.
6- Genotype và thời gian điều trị :Genotype cũng là một yếu tố cần để xác định thời gian cần điều trị. Nói chung nếu genotype 1 thì thường điều trị 48 tuần, genotype 2, 3 thì cần 24 tuần, tuy nhiên có những nghiên cứu đang thực hiện xác định khoảng thời gian điều trị tốt nhất dựa vào các yếu tố nhất định. Ví dụ một vài chuyên gia tin rằng những bệnh nhân có genotype 1, nồng độ vi rút cao nên điều trị 72 tuần thay vì 48 tuần để đạt được tỉ lệ đáp ứng cao nhất. Có một vài nghiên cứu đánh giá thời gian điều trị cho genotype 2 là 12 tuần và genotype 3 là 48 tuần.
7- Genotype và liều lượng thuốc:Genptype cũng là một thông tin quan trọng để xác định liều lượng Ribavirin. Ví dụ những người có genotype 2,3 thì liều cho ribavirin là 800mg/ngày, ngược lại liều cho genotype 1 dựa vào trọng lượng cơ thể thường 1000mg-1200mg/ngày.
8- Genotype hỗn hợp:Một người có thể nhiễm hơn 1 loại genotype. Số liệu về genotype hỗn hợp thì hầu như hiện tại không ghi nhận, nhưng một vài chuyên gia tin rằng nó có thể ảnh hưởng tới đáp ứng điều trị và diễn tiến bệnh viêm gan vi rút C.
10-Gan nhiễm mỡ và genotype:Tình trạng gan nhiễm mỡ thì thường thấy ở bệnh nhân viêm gan vi rút C . Gan nhiễm mỡ góp phần vào diễn tiến của bệnh và đáp ứng kém với điều trị, mặc dù cơ chế thì chưa được hiểu một cách rõ ràng. Những người có genotype 3 có khả năng gan nhiễm mỡ nhiều hơn và genotype 3 là một yếu tố nguy cơ độc lập và đóng vai trò trực tiếp trong sự phát triển gan nhiễm mỡ.
11-Genotype và diễn tiến bệnh viêm gan vi rút C mạn tính:Về liên quan giữa genotype và diễn tiến bệnh gợi ý rằng genotype 1b liên quan với mức độ diễn tiến bệnh nặng hơn so với genotype 2, 3. Nhưng cần có nghiên cứu ngẫu nhiên lớn hơn để xác nhận điều này.
12-Genotype và ghép gan:Genotype 1 ( đặc biệt là genotype 1b) liên quan đến quá trình xơ hóa nhanh hơn ở những bệnh nhân đã ghép gan.
Mọi thắc mắc vui lòng xin liên hệ : 0973332733
